در اين نامه آمده است:
بسم الله الرحمن الرحيم
در پي مأموريت به دو هيئت فقهي و حقوقي براي بررسي عميق و همه جانبه درباره وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامي، مجموعه بحث ها و تدقيق در ادله مختلف به اين نتيجه قطعي منتهي شد که وقف مزبور داراي اشکالات اساسي فقهي و حقوقي است از جمله، هم به لحاظ مشروعيت وقف مذکور و هم از جهت صلاحيت هيئت محترم موسس در انشاء اين وقف. همچنان که مشکل اساسي تحقق قبول مقام ذيصلاح نيز مطرح است، بنابراين وقف مزبور از لحاظ فقهي و حقوقي صحيح نيست.
ضمناً با توجه به ماهيت غيرخصوصي و غيردولتي دانشگاه آزاد اسلامي، لازم است بندهاي 5 و 10 مصوبه جديد شوراي عالي انقلاب فرهنگي در مورد اساسنامه آن دانشگاه مورد بررسي مجدد قرار گرفته و اصلاح شود.
مراتب به جناب آقاي هاشمي رفسنجاني رياست محترم هيئت موسس و جناب آقاي احمدي نژاد رياست محترم شوراي عالي انقلاب فرهنگي ابلاغ شود.
سيدعلي خامنه اي
18/7/89
گفتني است شوراي عالي انقلاب فرهنگي با تغيير بندهاي 5 و 10 ترکيب اعضاي هيات امنا را به گونه اي قرار داده بود که نقش هيات موسس در آن به حداقل کاهش يافته و اين شورا حق بيشتري براي دخالت در دانشگاه آزاد براي خود قائل شده بود.
.
.