ساخت و سازهای غیر مجاز در حریم مسجد «آقانور» و نبود اعتبارات مالی لازم برای مرمت و بازسازی، این مسجد را که یکی از شاهکارهای معماری عهد صفوی در اصفهان به شمار می رود، با تهدید جدی روبه رو کرده است.